Vào đầu triều đại nhà Minh, thủ đô được đặt tại phủ Ứng Thiên, Nam Kinh. Niên hiệu Kiến Văn, Yến Vương Chu Đệ từ Bắc Bình phát động Chiến dịch Tĩnh Nan.

Vào năm Vĩnh Lạc thứ 1 (1403), Chu Đệ đã ban hành một sắc lệnh để thay đổi Bắc Bình thành Bắc Kinh. Từ năm đầu tiên đến năm thứ 3, liên tục ra lệnh nhập cư từ nhiều nơi khác nhau đến Bắc Kinh.

Vào tháng 7 năm thứ 5 là năm nhuận, Chu Đệ ban hành sắc lệnh bắt đầu xây dựng Tử Cấm Thành. Chủ trì xây dựng công trình gồm Trần Khuê, Công bộ thị lang Ngô Trung, Hình bộ thị lang Trương Tư Cung, kiến trúc sư Thái Tín. Những nghệ nhân nổi tiếng như thợ điêu khắc đá Lục Tường, thợ nề Dương Thanh và nhiều nghệ nhân khác đã đến Bắc Kinh vào tháng 5 năm Vĩnh Lạc thứ 5.[6]

Việc xây dựng Tử Cấm Thành và cải tạo Bắc Kinh được tiến hành cùng một lúc, dựa trên Kinh đô gốc. Ngay sau khi bắt đầu dự án Tử Cấm Thành thì đã bị chậm lại do việc xây dựng Trường Lạc và hai cuộc chinh phạt Mông Cổ năm thứ 8 và thứ 11, mãi đến tháng 6 năm Vĩnh Lạc thứ 16 mới bắt đầu khởi động lại.

Việc xây dựng Tử Cấm thành và cải tạo Bắc Kinh được tiến hành cùng một lúc, dựa trên Kinh đô gốc. Ngay sau khi bắt đầu dự án Tử Cấm thành thì đã bị chậm lại do việc xây dựng Trường Lạc và hai cuộc chinh phạt Mông Cổ năm thứ 8 và thứ 11, mãi đến tháng 6 năm Vĩnh Lạc thứ 16 mới bắt đầu khởi động lại.

Vào năm Vĩnh Lạc thứ 18 (1420), Tử Cấm thành được hoàn thành vào tháng 12. Ngày đầu tiên của tháng âm lịch năm Vĩnh Lạc thứ 19 (1421), Vĩnh Lạc nguyên đô đã hoàn thành; Vào tháng 5 cùng năm, đã có một vụ sét đánh và hỏa hoạn diễn ra, ba điện phía trước bị thiêu rụi.[6] Năm 1440, đời vua Minh Anh Tông niên hiệu Chính Thống thứ 5, tái thiết 3 phần điện phía trước và Điện Càn Thanh.

Năm 1459 (năm Thiên Thuận thứ 3) xây dựng Tây Uyển. Năm 1557 tức năm Gia Tĩnh thứ 36, Tử Cấm thành gặp hỏa hoạn, 3 điện phía trước, Phụng Thiên Môn, Văn Vũ Lâu, Ngọ Môn tất cả đều bị thiêu rụi. Đến năm 1561 mới được xây dựng lại hoàn toàn. Niên hiệu Vạn Lịch thứ 25 (1597), Tử Cấm thành lại cháy lớn, đốt cháy 3 điện phía trước, tam cung phía sau. Việc khôi phục công trình chỉ hoàn thành cho đến năm Thiên Khởi thứ 7 (1627).[6]

Vào năm Sùng Trinh thứ 17 (1644), Lý Tự Thành chiếm được Bắc Kinh và nhà Minh bị diệt vong. Không lâu sau, Tổng binh (chức quan võ) Sơn Hải Quan nhà Minh là Ngô Tam Quế đã dân quân Thanh vào cửa thành; Lý Tự thành đã phóng hỏa đốt Tử Cẩm thành trước khi rút lui về Thiểm Tây, chỉ có điện Vũ Anh, điện Kiến Cực, điện Anh Hoa, điện Nam Huân, xung quanh Giác Lâu và Hoàng Cực Môn không bị cháy.[7][8]

Cùng năm đó, Hoàng đế Thuận Trị đến Bắc Kinh, lấy Hoàng Cực Môn làm nơi đặt triều đại dài lâu và điện Kiến Cực không bị cháy thành "Vị Dục cung" (位育宫), làm tẩm cung của Thuận Trị; Nhiếp chính vương Đa Nhĩ Cổn dùng điện Vũ Anh làm nơi bàn công chuyện.[7] Từ năm Thuận Trị thứ nhất đến năm thứ 14, xây dựng lại Ngọ Môn, Thiên An Môn, khu vực chầu tiền tam điện, từ Vị Dục Cung khôi phục làm điện Kiến Cực, đổi tên thành điện Bảo Hòa；đồng thời sửa sang lại Nội đình, đường phía đông và phía tây.[7] Năm Khang Hi thứ 6, xây dựng lại Đoan Môn.

Năm Khang Hy thứ 22 (1683) bắt đầu tái thiết lại một phần các tòa nhà bị phá hủy còn lại trong Tử Cấm thành。

Năm Ung Chính thứ 13 (1735), Thanh Cao Tông (Hoàng đế Càn Long) lên ngôi, trong 60 năm sau đó, Tử Cấm thành được mở rộng và xây dựng lại. Vào năm Gia Khánh thứ 18 (1813), "Thiên Lý Giáo Đồ" Lâm Thanh đã phát động một cuộc binh biến quân sự tấn công Tử Cấm thành.

Vào năm Quang Tự thứ 14 (1886), một đám cháy đã bùng phát từ phòng của lính canh cổng Thái Hòa. Do đồ dùng chữa cháy không hoàn thiện, ngọn lửa đã kéo dài trong hai ngày khiến cổng Thần Vũ, Thái Hòa và điện Chiêu Đức bị thiêu rụi. Thiệt hại phải đến năm Quang Tự thứ 20 mới khôi phục lại.

Vào năm Trung Hoa Dân Quốc đầu tiên (1912), Hoàng đế Phổ Nghi của nhà Thanh vẫn sống trong cung điện sau khi thoái vị.

Tới năm Dân Quốc thứ 13 tức ngày 5 tháng 11 năm 1924, Nhiếp chính nội các Hoàng Phủ tuyên bố tu chính (sửa đổi) Điều kiện ưu đãi Thanh thất thứ 5, phế trừ tôn hiệu Hoàng đế, thỉnh phế đế Phổ Nghi xuất cung. Đại biểu chính phủ Lý Dục Doanh, tư lệnh cảnh vệ kinh đô Lộc Chung Lân, cánh sát tổng giám Trương Bích tiếp quản cung điện vào ngày 6 và niêm phong các di tích văn hóa. Tới khi được Nội các nhiếp chính phê duyệt, sau một năm chỉnh lý thu thập, Bảo tàng Cố Cung đã chính thức khai trương vào ngày Quốc khánh năm Dân quốc thứ 14 (ngày 10 tháng 10 năm 1925).